Alì è stata fondata dai colonizzatori provenienti dall'Elide, regione della Grecia nella parte occidentale del Peloponneso. I colonizzatori si sarebbero inizialmente stabiliti nei pressi dell'attuale Capo d'Alì, più esattamente nel pianoro inteso Migliorvino o Mollerino o Modderino come è indicato nella carta dell'Istituto Geografico Militare. Luoghi adiacenti al pianoro,  come per esempio quello denominato Promiles o Impromili, furono a loro volta fortificati. Lo stesso nome di Alì deriverebbe proprio da Elide, madrepatria dei coloni. La fondazione, infine, risalirebbe al 638 a.C. Queste notizie furono da fra Serafino ricavate, come lui stesso dichiara, dalla Messana illustrata di Placido Samperi.

Esse però non trovano adeguato riscontro nelle antiche fonti, e pertanto non possono che ritenersi frutto di congetture. Se a questo punto si vuole tentare un raffronto con le vicende delle due colonie greche più vicine al Capo d'Alì attuale, cioè Zancle e Nasso, si direbbe che a Nasso i colonizzatori calcidesi si erano insediati nel 757 a.C. (secondo la cronologia "alta"), e che a Zancle, ancora coloni calcidesi provenienti da Eubea e forse anche da Nasso, si erano stabiliti intorno alla metà del sec. VIII a.C. Nella seconda metà del sec. VII a.C. quando sarebbe stata fondata Alì, le colonie calcidesi di Sicilia vivevano un momento significativo della loro storia, poiché il prepotere dell'oligarchia fondato su leggi che si tramandavano oltremare, e dunque spesso importato all'arbitrio, tendeva ad essere moderato, a salvaguardia dei diritti della maggioranza dei cittadini, dall'introduzione, per la prima volta, di un corpo di leggi scritte, opera, secondo le fonti antiche, del celebre legislatore Caronda.

Naturalmente, Alì ricadeva nel territorio Zancle-Messana, che, almeno a partire dai primi decenni del V sec. a.C., comprendeva l'estremità nord-est dell'isola, dall'attuale Capo Sant'Alessio fino a Milazzo. Dalle fonti di fra Serafino, si apprende che l'originario abitato di piano Mollerino, dove vennero alla luce numerosi segni del più antico insediamneto, resti di edifici, ceramiche, monete e la più particolare du rinvenuta nel 1746 una sepoltura chiusa da una lastra fittile, sollevata la quale, si videro alcuni scheletri. Ad un certo punto, il sito fu abbandonato, per sottrarsi alle sempre più frequenti incursioni piratesche. Fu scelta allora come nuova dimora Monte Scuderi, luogo senza dubbio protetto dalle minacce dei pirati, ma troppo esposto ai venti impetuosi e freddi soprattutto nei mesi invernali. Sul monte sono stati trovati cospicui resti archeologici sul "cranio verdeggiante del monte", anche qui vasi, monete, resti di edifici e di mura, sepolture.  Sicché il Monte Scuderi, dopo qualche tempo fu a sua volta lasciato e si scelse una località più a valle, corrispondente al sito dell'Alì di oggi, per dar vita ad un terzo e definitivo insediamento. Proseguendo nelle vicende storiche di Alì, si scopre che nel 250 a.C. la cittadina subì la distruzione ed il saccheggio ad opera dei Siracusani di Gerone. Questo episodio si colloca nell'ambito della guerra che intorno al 260 a.C. i Romani, alleati con i Mamertini, combatterono contro Gerone di Siracusa e i Cartaginesi. Altri fatti salienti della storia di Alì non si conoscono. Oggi, le chiese ancora integre sono ridotte di molto e costituiscono, allora come adesso, la parte più cospicua e interessante del patrimonio architettonico-monumentale di Alì.